第二個前來敦煌盜寶的人是法國的伯希和。伯希和是專門研究中國學問的漢學家，除了精通漢語之外，還懂得幾種中亞流行的語言。從1899年開始，他供職于設在越南河內的法國遠東學院，曾在1901年前往中國購買書籍、繪畫和美術品。他在語言上的天賦和對中國圖書版本學的知識，為他后來盜竊藏經洞文獻提供了極大的方便。

大概正是因為他的這些才干，當1905年中亞與遠東歷史、考古、語言、人種探察國際協會法國分會組成中亞考察隊時，伯希和被挑選為考察隊長。1906年6月15日，他率領著測量、攝影方面的專家自巴黎出發，從喀什噶爾開始，沿塔里木盆地北沿的古絲路，對沿途遺址、石窟逐個進行考察發掘。翌年10月到達烏魯木齊。

當時，斯坦因從藏經洞盜走大批寫本的消息還沒有傳出，伯希和是從清朝伊犁將軍長庚那里，得知敦煌莫高窟發現了古代寫本的消息，并且看到了一卷流散出來的寫經，立刻判斷出這是八世紀的珍貴文物。伯希和取消了從烏魯木齊向西北方向行進的原訂計劃，甚至連他向往的到處是古物的吐魯番盆地都不去，立即趕赴敦煌。

1908年2月25日，伯希和一行來到莫高窟前，一面開始對所有洞窟進行編號、測量、拍照和抄錄各種文字題記，一面和王道士進行交涉。伯希和流利的漢語很快就博得了王道士的好感，而且，王道士從談話中得知，伯希和并不知道他把一大批寫本出賣給斯坦因的事，所以對這些洋人的堅守諾言感到滿意，很快，在3月3日，伯希和就被引進藏經洞，而且還允許他在洞中挑選。

面對著這數萬件珍貴文獻，伯希和在驚呆之余，立刻盤算了一番，然后下決心把它們全部翻閱一遍。在以后的三個星期中，伯希和在藏經洞中，借助昏暗的燭光，以每天一千卷的速度，翻檢著每一件寫本，并把它們分成兩堆，一堆是最有價值的文獻，他給自己訂立了幾條標準，即：一是要標有年代的，二是要普通大藏經之外的各種文獻，三是要漢文之外的各種民族文字材料，這堆寫本是不惜一切代價都要得到的；另外一堆則是必要時可以舍棄的寫卷。

伯希和挑選完畢，向王道士提出想全部得到的要求，王道士當然還沒有這樣的膽量，結果，伯希和以600兩銀子，換得了藏經洞寫本的精華，它們的數量雖然沒有斯坦因進取的多，但質量最高，說不清有多少件是無價之寶。

伯希和等人結束了敦煌的考察，一面派人把大批文物運往巴黎，一面又沿河西走廊進入中原，最后在10月5日到達北京，采購圖書。狡猾的伯希和知道寫本尚在途中，這次來京，對在莫高窟得到寫本的事守口如瓶。

同年12月，伯希和回到河內的遠東學院。1909年5月，伯希和又受法國國立圖書館委托，從河內出發，經南京、天津，到北京購買漢籍。這時，從藏經洞劫得的大批文獻已安全運抵巴黎，入藏法國國立圖書館。伯希和于是隨身攜帶一些敦煌珍本，如《尚書釋文》、《沙州圖經》、《慧超往五天竺國傳》，《敦煌碑贊合集》等，來到北京，出示給北京的中國學者，目的是買好他們，以取得在收購珍本漢籍時的幫助。